В данном случае стоит учитывать момент, что при обновлении в ручном режиме, каждая версия продукта имеет отдельный репозиторий, имя которого равно имени версии. Также есть репозитории beta5 и stable5, которые содержат все версии продукта. От того, какой репозиторий подключен в системе, будет зависеть до какой версии будет обновлен программный продукт.
Если у вас подключен бета репозиторий (ISPmanager Business 5.137.0), то и обновится панель должна до последней бета версии (Последняя бета версия: 5.139.0 выпущена 06.02.2018).
Более подробную информацию вы можете найти здесь:
https://goo.gl/YNqK9h