Пробовал из пакетов переставлять, проблема остается.
Пробовал активировать через интерфейс Доменов, картина таккая же

Код:
find / -iname "awstats.pl"
/var/www/awstats/awstats.pl

ISPmanager Lite
Операционная система
CentOS 6.9.el6.12.3 (x86_64)
Репозиторий
ispsystem-5.109
Версия COREmanager
5.109.0-2017.06.13_09:50
Версия панели
5.109.1-2017.06.19_14:17