По поводу переменной знаю, что нельзя (точнее очень крайне не рекомендуется), но грозит ли проблемами, если я поменяю директорию FTP пользователя через файл proftpd.passwd на /home/needuser/ ?

Зачем нужно - установлен сервер CSS, к нему есть плагин VIP Beta 0.0.5 RC28 (18.10.2019), в этом плагине есть файл, который должен лежать здесь /home/cssstrike/serverfiles/cstrike/addons/sourcemod/data/vip/users_activation_keys.ini, чтобы он работал.
Да можно не менять каталог, но доступ к этому файлу может быть только через FTP (не SFTP) порт 21. Через SSH|SFTP по установленному в системе для этого пользователя логину/паролю заходит нормально, а вот через FTP:21 всё плохо. По установленному паролю - доступ запрещён и просит ввести пароль (хотя он копи пастом вставляется и проверен). Либо вообще обрывы с разными ошибками.